并不是每个人都有良知，良知这种干预性的义务感建立在我们对其他人的情感依附之上。有些人从来都不会因为让别人失望、伤害别人、剥削别人甚至杀害了别人而感到强烈的不安。如果前五感（视觉、听觉、触觉、嗅觉、味觉）属于生理范畴，而“第六感”是我们所谓的直觉，那么良知至多可以算作第七感。第七感在人类的进化过程中发展得比较晚，而且目前还远谈不上人人皆有。
更糟糕的是，我们在日常生活中通常无法分辨哪些人有良知，哪些人缺少良知。一名年轻有为的律师可能拥有这种第七感吗？是的，可以想见。一位生了好几个孩子的母亲会有这个第七感吗？当然有可能。一位负责整个教区信众的精神福祉的牧师可能受到良知的约束吗？让我们寄希望于此。一位领导一个国家的强大政治领袖有可能会有良知吗？当然可能。
或者，我们可以反过来问，上述这些人有可能完全没有良知吗？答案有些令人心惊胆战，还是：“当然可能”。
“恶”并不反映人的个性特征，而且从来都无法与某一特定的社会角色、种族或身材可靠地联系在一起，这让神学家和近代科学家迷惑不已。纵观人类历史，我们花费了很大力气才解决了“善”“恶”之辨，也才找到方法来解释“为什么某些人身上似乎只有恶”。公元4世纪的基督教学者圣哲罗姆（Saint Jerome）用希腊语synderesis（良知）来描述人类与生俱来的、感受善与恶之间差异的神赐能力。他诠释了以西结（Ezekiel）在《圣经》中所描述的四个生灵从一朵“周围有光辉，向外不断冒火”的云中显像。每个生灵都有人身，但各有四张不同的面孔。前面是人脸，右侧是狮脸，左侧是牛脸，后面是鹰脸。圣哲罗姆这样解读以西结的梦境：人脸代表人类的理性，狮脸反映人类的情感，牛脸象征人类的欲望，而翱翔的鹰是“良知的火花，即使在该隐（Cain）的心中也仍然没有熄灭……而在我们被邪恶的欲望或放肆的灵魂打败的时候，良知会让我们产生罪孽深重的感受……然而，我们在一些人身上看到，这种良知泯灭；他们毫无负罪感，对自身的罪孽也不觉得羞耻。”
和圣哲罗姆同时代的杰出神学家希波主教奥古斯丁（Augustine of Hippo）对于良知的本质也持有同样的看法。奥古斯丁让他的信徒相信“人类在光之书（Book of light）中看到了道德规范（又叫‘真理’），所有的法律都是‘真理’的摹本。”
但一个显而易见的问题仍然悬而未决：既然真理（即关于善恶的绝对知识）是上帝赐予全人类的，那为什么不是所有人都是好人？为什么我们会看到一些人身上的“良知泯灭”？这个问题数百年来一直是神学领域关于良知的核心争论。尽管这个问题很棘手，他们也不可能提出“只有一些人有良知”这种解释，因为这意味着上帝没有把真理赐予他的几个仆人，是上帝本人在世界上创造了恶，并把它看似随机地散布到形形色色、三教九流的人身上。
13世纪意大利哲学家和神学家托马斯·阿基纳提出，synderesis（即圣哲罗姆提出的，绝对正确的、由上帝赐予的关于是非的知识）和conscientia（即易犯错的人类理性，它艰难地决定着人类的行为）之间存在隐晦的区别，从而似乎解决了神学上关于良知的困境。为了让人类选择应该采取何种行动，上帝为理性提供了完全的信息，但理性本身相当薄弱。在这个体系中，人类之所以会做出不可靠的决策，并非出于良知的缺乏，而是因为人类在决策和行动过程中容易出错。相较之下，阿基纳认为，“synderesis不会出错；它提供了固定不变的原理，就像主宰物理世界的一成不变的定律。”
我们用这个古老的观点来看看当下这个例子：当乔想起他的宠物狗无食无水的时候，他那与生俱来的、上帝赐予的synderesis（良知）立刻告诉他，绝对正确的行动是赶快回家照顾狗；而conscientia这个关于人类如何行事的心智上的争论，接着便对这个真理进行了一番考量。乔并没有马上掉转车头，而是花了几分钟考虑，这正是人类天生薄弱的理性作用的结果。在托马斯·阿基纳的理论体系下，乔在最后确实做出了正确的决定，这表示乔的道德德行在强化了的理性作用下，正在朝着正确的方向发展。要是乔最后的决定是让他的狗饿肚子、没水喝，那么用神学语言来讲就是，他的弱化了的理性会把他的道德德行引向地狱。
我们认真看看神学的基本要点，根据早期神父的说法：
1.道德规范是绝对的；
2.每个人天生就知道这个绝对真理；
3.不良行为是错误的思考导致的，而不是因为缺乏synderesis或良知，既然人人均有良知，那么只要人类的理性臻于完善，不良行为就不会产生。
而事实上，这三条就是世界上绝大多数人近代以来所持有的关于良知的信仰。它们对我们采取何种方式看待自己与他人产生了深远的影响。第三个信条尤其让人难以摒弃。在托马斯·阿基纳对synderesis做出断言将近1000年的岁月里，当有人不断做出我们认为违背良知的行为时，我们就会诉诸更新版的“弱的理性”的范式。我们推测这个犯了错的人一定丧失了理性，或者心智失常，要不然就是他早年的成长背景所导致的。我们特别不愿给出更直截了当的解释：上帝或自然根本就没有给他良知。
几百年来，关于良知的讨论倾向于围绕人类理性与上帝赐予的道德知识之间的关系而展开。期间还出现了逻辑推论方面的争论，最近的争论是关于“相称主义”的，是一个神圣的漏洞，即为了得到“善”的结果，理性会要求我们做“恶”的事情，例如“正义之战”。
但到了20世纪初，内科医生兼科学家（也是无神论者）西格蒙德·弗洛伊德的理论在欧洲和美国越来越为人们所接受，“良知”本身也因此发生了根本性的转变。弗洛伊德提出，幼儿的心智在正常发展的过程中会形成一个叫“超我”的内化权威，它会逐渐取代实际的外在权威——并非上帝，而是孩子的父母。弗洛伊德用他“发现”的超我概念有效地把良知从上帝手中夺走，良知由此落入凡俗家庭所焦急渴望的控制范围。良知的这种变动，要求我们对那个沿袭了几百年的世界观做出一些艰难转变。我们的道德指引突然呈现出致命的缺陷，而绝对真理从此以后就必须给文化相对主义（cultural relativism）的不确定性让路。
弗洛伊德所提出的新的心智结构模式没有按照人、狮子、牛和鹰的四面性来划分。相反，弗洛伊德用了三分法，将心智结构模式分成：“超我”“自我”和“本我”。“本我”包含性冲动在内的所有与生俱来的本能，以及各种生物性的欲望。因此“本我”通常都会与文明社会的要求彼此冲突。而“自我”则是心智的理性和有意识的一面。“自我”能够合乎逻辑地思考、制订计划以及记忆，正因为“自我”具备这些能力，所以“自我”可以直接与社会形成互动，并且能够在不同程度上帮助比较原始的“本我”把事情做好。“超我”是儿童在理解父母或社会所加诸的外部规则之时，在“自我”的基础上形成的。在心智发展过程中，“超我”最终会成为一股独立力量，单方面评判或引导儿童的行为和想法。“超我”是一种命令式的、能给人造成愧疚感的内在声音，这个声音甚至会在你独处一室之时对你说“不行”。
“超我”的基本概念对我们来说已经成为一种常识。我们经常看到儿童内化并执行他们父母要求他们遵守的规则。（例如，母亲皱着眉头对4岁大的女儿说“不准在车上吵闹”，几分钟后，这个4岁大的女孩便会妄自尊大地指着正在吵闹的2岁妹妹教训道：“不准在车上吵闹！”）我们绝大多数人在成年后都曾听到过“超我”的声音。有些人还会经常听到。我们脑海里的声音会对我们说：“你真是白痴！为什么要那么做？”或者“你知道的，要是今晚完成不了这份报告，你心里会很歉疚。”或者“你最好去检查一下胆固醇水平。”在乔和锐步的故事里，很有可能是乔的“超我”帮他做出了放弃开会的决定。为了对此进行说明，我们假定乔的父亲在乔4岁时曾对他说：“不行，乔，我们不能养狗。养狗的责任太重大了。如果你养了一只狗，你总是得停下手头的事去照顾它。”乔成年后所做的调转车头回家喂狗的决定，很有可能就是他的“超我”在起作用，“超我”坚决要他遵守父亲的告诫。
在一个较为深邃的意义上，弗洛伊德本人或许会想，可能是乔的“超我”引发了乔整个上午的状况，那当然是无意识的，因为太匆忙，所以才会忘记给狗弄食物。这样一来，他父亲的告诫就能够得到“印证”，乔因为养了一只宠物而“受到了惩罚”。按照弗洛伊德的理论，“超我”不仅是一个声音，它还是一个执行者、一个微妙复杂的操纵者、一个观点的验证者。“超我”会对我们进行指控、审判，它会执行判决，而这一切都是在我们完全无意觉察的情况下进行的。“超我”的好处在于，它有助于个人在社会上生存，但它也有可能变成一个人性格中最为傲慢专横的，甚至可能是最具毁灭性的部分。根据精神分析学家的说法，特别严苛的超我总是在一个人的脑海中念叨个不停，可能会害得一个人终生抑郁，甚至还会把这个可怜的受害者逼上自杀的绝路。
因此，弗洛伊德向世人提出了一个明显的世俗观点：有些人的良知可能需要修补，而通过精神分析法或许就能把它修补完善。
此外，更令人震惊的是，弗洛伊德及其追随者还把最终确立的“超我”理论与儿童如何解决“恋母情结”联系起来。“恋母情结”（发生在女孩身上的时候就称为“恋父情结”）是在幼儿（3~5岁的时候）开始意识到自己永远都无法完全占有那位异性双亲时形成的一种感受。简单来说就是男孩必须接受无法娶自己母亲的事实，而女孩必须接受无法嫁给自己父亲的事实。弗洛伊德认为，在“恋母（父）情结”上的挣扎以及由此引发的对那位同性双亲的竞争、恐惧以及憎恨之感，对孩子与家人之间关系的影响巨大且危险，因此必须彻底“抑制”这种情感，或者避免形成这种意识，而这种“抑制”作用可以通过大幅强化儿童的“超我”来实现。从这个观点来看，倘若孩子对那位异性双亲产生了任何性方面的感受，或是孩子对那位同性双亲产生了敌对感，那么通过全新强化过的“超我”，即自发的、难以忍受的负罪感这个可怕无情的武器，就能把这些感受抑制住。如此一来，“超我”便在儿童的内心获得了自治权，并且占据了绝对优势。“超我”像一位严厉的监督人，它的作用是满足我们希望保持成为团体一分子的需求。
不管人们对这套理论持有何种不同看法，弗洛伊德的成就必须得到肯定，因为他认识到道德感并不是个放之四海皆准的神秘法典，相反，它是动态变化的，并且与重要的家庭和社会纽带有着错综复杂的联系。弗洛伊德用其关于“超我”的著述，让逐渐觉醒的科学界认识到，人们对法律与秩序的习惯性尊重并不仅仅是外界强加的结果。遵守规则、尊重美德的主要动力源于我们在婴幼儿时期就萌生的内在需求，即我们需要家人以及我们生存其中的人类社会能够保护和接纳我们。